גנים לעמידות מול קוביד-19: זיהוי סמני דנא התואמים לעמידות ולחולשה נגד הנגיף הקורונה

Dr. Timothy Sexton

Coronavirus Genetic Markers: An Overview of Their Role in Diagnosis and Treatment.


קורונהווירוסים (CoVs) (סדרה Nidovirales, משפחה Coronaviridae, תת משפחה Coronavirinae) אחראים למגיפות מחלות נשימה במגוון מיני ורטברטים. הם משפחה גדולה של וירוסים מעוטרים חד חוטי RNA (+ssRNA) שניתן לבדוק במגוון מיני חיות. גודל הגנום שלהם נע בין 26 ל-32 קילובייטים (kb), והם הגנומים הגדולים ביותר לוירוסי RNA (מה שמגביר את היעילות של מסכות הפנים). COVID-19, הידוע גם כנגיף הנשימה החריגה החדשה 2019 (SARS-CoV-2), או "קורונהווירוס חדש 2019" הוא נגיף חדש ואנחנו רק מתחילים להבין עמידות וסופחנות בבני אדם.


קורונה-19 דומה לתסמונת הנשימה חריפה וקשה (SARS) בכך ששני הווירוסים מדבקים את המארחים האנושיים שלהם דרך אותו מקלט, חומר הנמצא בתא האנגיוטנזין-ממיר 2 (ACE2), וגורמים לתכונות קליניות ופתולוגיות דומות. מעניין לציין שחלבון הפרצוף האחראי לקישור למקלט הוא דומה מאוד בין 2019-nCoV ל-SARS-CoV, וזהו תוצאה של בחירה משמעותית עבור אותו מקלט (Wu., 2020). מחקרים על איך הגופים שלנו מגן על עצמם מפני SARS עשויים לחשוף איך הגופים שלנו יכולים להגן על עצמם מפני קורונה-19.


מספר מחקרים גנום-רחבים אחרונים (GWAS) סיפקו תובנות עמוקות יותר בנוגע לטפסי הגנטיים שיכולים להסביר למה חלק מהאנשים אינם מושפעים מקורונה-19 כמעט בכלל, ולמה הווירוס הוא מסכן או אפילו קטלני עבור אחרים.

בפוסט זה, אנו מספקים ביקורת על ספרות העת המאומתת ומציגים מידע על גנים מועמדים לעמידה בפני SARS-CoV. אם עשית ניסוי דנ"א בבית כמו הניסויים הזמינים מ-23andMe, Ancestry DNA, Dante labs, תוכל לבדוק את הנתונים הגנטיים הגולמיים שלך ולראות כיצד הם נמצאים בהשוואה לממצאי המחקר.


איך לנתח את ה-DNA שלך כדי לבדוק עמידות או רגישות לנגיף הקורונה?


שלב 1) הורד את קובץ ה-DNA האוטוזומלי הגולמי שלך ושמור אותו במקום בטוח ומאובטח.

כדי לנתח את הנתונים של ה-DNA שלך, התחל בהורדת ה-DNA האוטוזומלי הגולמי ושמור אותו במקום בטוח. להלן הוראות להורדת קובץ ה-DNA הגולמי מ: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.


שלב 2) נתח את קובץ ה-DNA הגולמי שלך


חפש את נתוני ה-DNA הגולמי שלך באמצעות עורך טקסט כגון "Text Wrangler" או "Notepad" באמצעות פונקציית "חיפוש" או באמצעות שורת פקודה.

פתח את קובץ ה-DNA הגולמי שלך ותראה את הכותרות הייחודיות של מזהה SNP (rs# או i#), כרומוזום, מיקום וגנוטיפ. הפורמטים שונים מעט בין כל חברת בדיקת DNA לצרכן ישירה.


כדי להעריך את הסיכון שלך להחלמה גרועה מ-COVID-19, חפש את המסמכים הבאים בקובץ ה-DNA שלך:

כמה מחקרי GWAS פורסמו לאחרונה שתארו את המיקומים הגנומיים המשויכים לכשלי נשימה במטופלים המדבקים ב-SARS-CoV-2 ושלושה מחקרים זיהו מסמכי SNP בקטע גנומי של כ-50 ק"ב שניתן להוריש מנאנדרטלים. (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). בנוסף, נמצאו גם מחקרי GWAS שזיהו מספר סמני DNA נוספים הקשורים ל-COVID-19, וכל אחד מהם מוצג בטבלה למטה.


בנוסף, סמני דנא נוספים שכוללים בפוסט זה כוללים את rs4804803 שהוא מקושר ל-SARS, ואת אלה שנמצאים במתקן האנגיוטנזין-ממיר-2 (ACE2) שהוכח כמתקן לנגיף הנשימה האנושי NL63, נגיף ה-SARS (SARS-CoV) ונגיף הקורונה החדש 2019-nCoV/SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019). מאחר שחלבון הפיקה של הקורונה התפתח כדי להתאים למתקן ACE2, סביר להניח שאנשים עם שינויים שמשנים את רצף החלבון יכולים להיות עמידים יותר לקורונה. להלן סמני SNPs שאינם סינונימיים מתוך הטרנסקריפט ACE2 NM_021804.2 ומתוך הסמנים המעניינים במיוחד הם SNPs שגורמים לשינויים גדולים כמו rs199951323 שמגריל קודון עציר מוקדם.


ג'ין dbsnp כרומוזום (GRCh37) POS REF ALT אללים סיכון אפקט מרקר האפקט מרקר הוא טכניקה בפוסט פרודקשן שמשמשת ליצירת תנועה והדגשת חלקי תמונה מסוימים. האפקט משתמש במרקרים וכלי כתיבה כדי ליצור תנועה וכתיבה על התמונה, וליצור תחושת תנועה ודינמיות. האפקט מרקר נמצא בשימוש רב בסרטים, תוכניות טלוויזיה ופרסומות ומשמש ליצירת תנועה והדגשת חלקי תמונה מסוימים. הוא נוצר באמצעות תוכנות עריכה ואפקטים ומשתמש בטכניקות כמו תנועה עצמית, תנועת מצלמה וכתיבה על התמונה. האפקט מרקר נותן לצופה תחושת תנועה ודינמיות ומשמש ליצירת תחושת תנועה ופעילות בתמונה. הוא נותן לצופה חוויה חזותית מעניינת ומרתקת ומשמש ככלי יצירתי ויצירתי בעולם הפוסט פרודקשן. הפניה
IVNS1ABP rs6668622 1 185414582 T C גרסה רגישה T:T ו-T:C בגבריםs יחס הסיכויים 1.44 Roberts., 2020;
SRRM1 rs111972040 1 24999361 A G גנוטיפים סיכוניים G:G ו-A:G, טיפוס 3' UTR יחס הסיכויים להתכנסות לבית חולים הוא 8.29
LZTFL1 rs35044562 3 45909024 A G גנוטיפים סיכון G:G ו-A:G, משתנה אינטרון, משתנה גני עליון של הטרנסקריפט odds ratio 1.60 Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo
LZTFL1 rs11385942 3 45876460 A - or A or AAA InDel, A:A and A:- יש להם תכונת רגישות גבוהה לכשלי נשימה, וריאנט אינטרון. odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
LZTFL1 rs10490770 *LD with rs11385942 3 45864732 T C גנוטיפים סיכון T:C ו-C:C, משתנה אינטרון יחס הסיכויים עבור נושאים הטרוזיגוטיים 1.7 Zeberg and Pääbo., 2020;
LZTFL1 rs67959919 *LD with rs11385942 3 45871908 G A גנוטיפים סיכון G:A ו-A:A, משתנה אינטרון יחס הסיכויים עבור נושאים הטרוזיגוטיים 1.7
LZTFL1 rs35624553 *LD with rs11385942 3 45867440 A G גנוטיפים סיכון G:A ו-G:G, משתנה אינטרון יחס הסיכויים עבור נושאים הטרוזיגוטיים 1.7
LZTFL1 rs71325088 *LD with rs11385942 3 45862952 T C גנוטיפים סיכון C:T ו-C:C, משתנה אינטרון יחס הסיכויים עבור נושאים הטרוזיגוטיים 1.7
ABO rs657152 9 136139265 A C or T אלל סיכון, משתנה אינטרון odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
Intergenic rs5798227 12 53120100 C - אלל הסיכון הוא המחיקה p = 2.2x10-7 Blokland et al., 2020;
IGHV3-7 rs11844522 14 106522576 C T שינויים ניתנים לסובייט T:T, C:T p=1.9x10-7
Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) rs73166864 22 23340580 T C or G שינויים נתונים T:T ו-T:C ניתנים לסובלנות odds ratio 1.7 Roberts., 2020;
TLR7 rs200553089 ChrX 12906010 G T גנוטיפים סיכוניים T:G ו-T:T, משתנה חמצוני חסר תועלת Made et al., 2020;
SNP נרדפים הממוקמים ב-ACE2
ACE2 rs373153165 chrX 15580093 C T or A הפריט המחסור p.Asp785Asn/c.2353G>A Cao et al., 2020
ACE2 rs140016715 chrX 15582154 G A הפריט המחסור p.Arg768Trp/c.2302C>T
ACE2 rs147311723 chrX 15582265 G A הפריט המחסור p.Leu731Phe/c.2191C>T
ACE2 rs41303171 chrX 15582298 T C הפריט המחסור p.Asn720Asp/c.2158A>G
ACE2 rs370187012 chrX 15582327 C T הפריט המחסור p.Arg710His/c.2129G>A
ACE2 rs776995986 chrX 15582334 G A הפריט המחסור p.Arg708Trp/c.2122C>T
ACE2 rs149039346 chrX 15584416 A G הפריט המחסור p.Ser692Pro/c.2074T>C
ACE2 rs200180615 chrX 15584488 C T הפריט המחסור p.Glu668Lys/c.2002G>A
ACE2 *rs199951323 chrX 15585879 A C stop_gained p.Leu656*/c.1967T>G
ACE2 rs183135788 chrX 15585933 T C הפריט המחסור p.Asn638Ser/c.1913A>G
ACE2 rs748163894 chrX 15588434 G A הפריט המחסור
ACE2 rs202137736 chrX 15591485 T C משתנה באזור הקיטור+משתנה באינטרון c.1541+5A>G
ACE2 rs140473595 chrX 15591530 C T הפריט המחסור p.Ala501Thr/c.1501G>A
ACE2 rs191860450 chrX 15593829 T C הפריט המחסור p.Ile468Val/c.1402A>G
ACE2 rs758142853 chrX 15609868 A G הפריט המחסור p.Val184Ala/c.551T>C
ACE2 rs754511501 chrX 15609902 C T הפריט המחסור p.Gly173Ser/c.517G>A
ACE2 rs746034076 chrX 15609943 T C הפריט המחסור p.Asn159Ser/c.476A>G
ACE2 rs373252182 chrX 15609973 T C הפריט המחסור p.Asn149Ser/c.446A>G
ACE2 rs2285666 chrX 15610348 C T משתנה באזור הקיטור+משתנה באינטרון c.439+4G>A
ACE2 rs768736934 chrX 15612963 C T משתנה באזור הקיטור+משתנה באינטרון c.345+5G>A
ACE2 rs4646116 chrX 15618958 T C הפריט המחסור p.Lys26Arg/c.77A>G
ACE2 rs73635825 chrX 15618980 A G הפריט המחסור p.Ser19Pro/c.55T>C
SNPs הקשורים ל-SARS
CD209 rs4804803 19 7812733 A G גן סוספטיבילי A:A, טיפול על פני מספר רצף עליון NC_000019.10:7747846 Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010


מגמת תגלית מעניינת לשים לב היא שגנת ACE2 ממוקמת על כרומוזום ה-X, המשמעות של כך היא שגברים יירשו רק עותק אחד של הגנה זו. הגנה הנוספת שמספקת העתק השני של גנת ACE2 בכרומוזום ה-X השני של הנשים יכולה להסביר בחלקה את הסיבה שנשים פחות נוטות להיאבק עם נגיף הקורונה.


שלב 3) השווה את הגנוטיפ/סניפים שלך עם תוצאות מחקר נוספות.

יש מגוון רב של משאבים המתארים מידע הקשור לבדיקת SNP ניתן לבדוק ב- dbSNP ו-SNPedia


dbSNP

dbSNP מכיל מגוון של שינויים נוקלאוטידיים יחידים, מיקרוסטטלים והכנסות ומחיקות בקנה מידה קטן באדם, יחד עם מידע פרסום, תדירות באוכלוסייה, השלכות מולקולריות ומיפוי גנומי ו-RefSeq עבור שני השינויים הנפוצים והמוטציות הקליניות.


SNPpedia

SNPedia" הוא ויקי המתמקד בחקר גנטיקה אנושית. הם משתפים מידע על ההשפעות של שינויים ב-DNA, תוך ציטוט מאמרים מדעיים שעברו סקירה על ידי חוקרים. האתר משמש את Promethease ליצירת דוח אישי המקשר את השינויים ב-DNA שלך למידע המתפרסם עליהם.



**אם אתה מודאג מכל דבר שאתה רואה בתוצאות ה-DNA שלך, אנא דבר עם הרופא שלך או יועץ גנטי.




מחפש ניתוח דנ"א חלופי? נסה את שירות ההתאמה של DNA Romance עכשיו ;-)

קבל מבחן אישיות חינם

קבל דוח תאימות זוגית



 

 

We care about your privacy and have several measures in place to keep your personal data secure. We encrypt all data that is stored and the names contain a unique hashed path and other obfuscating elements. Access to the data is limited to key development personnel who have 2-factor authentication restricted access. You can delete your profile including DNA data at anytime from your settings dashboard. ** We do not sell your personal information to 3rd parties, please see our Privacy Policy for more details. On departure please do give us feedback, especially if you found a great match :-)