Gener for covid-19 motstandskraft: identifisering av DNA-markører som tilsvarer motstand og mottakelighet for koronavirus.

Dr. Timothy Sexton

Coronavirus Genetic Markers: An Overview of Their Role in Diagnosis and Treatment.


Koronavirus (CoV) (orden Nidovirales, familie Coronaviridae, underfamilie Coronavirinae) er ansvarlig for utbrudd av luftveisinfeksjoner hos mange vertebrater. De er en stor familie av enkelttrådet RNA-innpakkede virus (+ssRNA) som kan isoleres i ulike dyrearter. De har genomstørrelser som varierer mellom 26 og 32 kilobaser (kb) i lengde, og er dermed de største genomene blant RNA-virus (som følgelig øker effektiviteten til ansiktsmasker). COVID-19, også kjent som alvorlig akutt respiratorisk syndrom coronavirus 2 (SARS-CoV-2), eller "nytt coronavirus 2019", er et nytt virus, og vi begynner bare å forstå motstand og mottakelighet hos mennesker.


COVID-19 er lik alvorlig akutt respiratorisk syndrom (SARS) i den forstand at begge virusene infiserer sine menneskelige verter via samme reseptor, angiotensin-konverterende enzym 2 (ACE2-reseptor), og forårsaker lignende kliniske og patologiske trekk. Interessant nok er spike-proteinet som er ansvarlig for reseptorbinding svært likt mellom 2019-nCoV og SARS-CoV, dette er et resultat av betydelig utvalg for samme reseptor (Wu., 2020). Forskning på hvordan kroppene våre forsvarer seg mot SARS kan avsløre hvordan kroppene våre kan forsvare seg mot covid-19. Flere nylige Genome Wide Association Studies (GWAS) har gitt en mye dypere innsikt i de genetiske variasjonene som kan hjelpe til med å forklare hvorfor noen individer er nesten upåvirket av COVID-19, og for andre er viruset livstruende eller til og med dødelig.

I denne posten gir vi en gjennomgang av den fagfellevurderte litteraturen og presenterer informasjon om kandidatgener for SARS-CoV-resistens. Hvis du har tatt en DNA-test hjemme, som de tilgjengelige fra 23andMe, Ancestry DNA, Dante labs, kan du evaluere dine rå DNA-data og se hvordan din DNA-sekvens sammenligner med forskningsfunnene.


Hvordan analysere DNA-et ditt for motstand eller følsomhet for coronavirus?


Steg 1) Last ned din råe autosomale DNA-fil og lagre den på et trygt og sikkert sted. For å analysere din DNA-data, begynn med å laste ned din råe autosomale DNA-fil og lagre den på et trygt sted. Her er instruksjoner for å laste ned din råe DNA-fil fra: '. 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.


Steg 2) Analyser din råe DNA-fil.


Søk gjennom dine råe DNA-data ved hjelp av en tekstredigerer som "text wrangler" eller "notepad" ved å bruke "find" funksjonen, eller ved å bruke kommandolinjen.

Åpne din råe DNA-fil og du vil legge merke til overskriftene for unike SNP ID (rs# eller i#), kromosom, posisjon og genotype. Formatene varierer noe mellom hver direkte til forbruker DNA-testingselskap.


For å vurdere din risiko for dårlig utvinning fra COVID-19, se etter disse DNA-markørene beskrevet nedenfor:

Flere Genome Wide Association Study (GWAS) ble nylig publisert som beskriver lokus assosiert med respirasjonssvikt hos pasienter smittet med SARS-CoV-2 og tre studier identifiserte SNP-markører i det samme ~50 kb genomiske segmentet som er arvet fra neandertalere. (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). I tillegg identifiserte disse GWAS-studiene også et antall andre DNA-markører som er assosiert med COVID-19, og hver av disse presenteres i tabellen nedenfor.


I tillegg inkluderer denne posten andre DNA-markører som dekker rs4804803, som var assosiert med SARS, og de som er plassert i angiotensin-konverterende enzym-2 (ACE2) reseptoren som ble bevist å være den samme reseptoren for humant respiratorisk coronavirus NL63, SARS-coronavirus (SARS-CoV) og det nye coronaviruset 2019-nCoV/SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019). Siden spike-proteinet til coronaviruset har utviklet seg for å matche ACE2-reseptoren, er det sannsynlig at individer med variasjoner som endrer proteinsekvensen vil resultere i en viss grad av motstand mot covid-19. Nedenfor er ikke-synonyme SNPer fra ACE2-transkriptet NM_021804.2, og spesielt interessante er SNPer som forårsaker store endringer som rs199951323, som resulterer i en for tidlig stoppkodon.
'Gen' dbsnp Kromosom (GRCh37) POS REF ALT 'Risikoalleler' 'Marker Effekt' 'Referanse'
IVNS1ABP rs6668622 1 185414582 T C Sårbar Variant T:T og T:C hos menns oddsforhold 1,44 Roberts., 2020;
SRRM1 rs111972040 1 24999361 A G 'risiko genotyper G:G og A:G, 3_prime_UTR_variant' Oddsforhold for sykehusinnleggelse = 8,29.
LZTFL1 rs35044562 3 45909024 A G risiko genotyper G:G og A:G, intronvariant, genisk oppstrøms transkriptvariant odds ratio 1.60 Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo
LZTFL1 rs11385942 3 45876460 A - or A or AAA InDel, A:A and A:- 'har høyere sårbarhet for respirasjonssvikt, intron_variant' odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
LZTFL1 rs10490770 *LD with rs11385942 3 45864732 T C risiko genotyper T:C og C:C, intron_variant Oddsforholdet for heterozygote bærere er 1,7. Zeberg and Pääbo., 2020;
LZTFL1 rs67959919 *LD with rs11385942 3 45871908 G A risiko genotyper G:A og A:A, intron_variant Oddsforholdet for heterozygote bærere er 1,7.
LZTFL1 rs35624553 *LD with rs11385942 3 45867440 A G risiko genotyper G:A og G:G, intron_variant Oddsforholdet for heterozygote bærere er 1,7.
LZTFL1 rs71325088 *LD with rs11385942 3 45862952 T C risiko genotyper C:T og C:C, intron_variant Oddsforholdet for heterozygote bærere er 1,7.
ABO rs657152 9 136139265 A C or T En risikoallel, intronvariant. odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
Intergenic rs5798227 12 53120100 C - 'Risikoallelet er slettingen.' p = 2.2x10-7 Blokland et al., 2020;
IGHV3-7 rs11844522 14 106522576 C T 'Susceptible variasjoner T:T, C:T' p=1.9x10-7
Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) rs73166864 22 23340580 T C or G 'Susceptible variasjoner T:T og T:C' odds ratio 1.7 Roberts., 2020;
TLR7 rs200553089 ChrX 12906010 G T risiko genotyper T:G og T:T, missense_variant Made et al., 2020;
'Synonyme SNPer plassert i ACE2'
ACE2 rs373153165 chrX 15580093 C T or A 'missense_variant' - missensevariant p.Asp785Asn/c.2353G>A Cao et al., 2020
ACE2 rs140016715 chrX 15582154 G A 'missense_variant' - missensevariant p.Arg768Trp/c.2302C>T
ACE2 rs147311723 chrX 15582265 G A 'missense_variant' - missensevariant p.Leu731Phe/c.2191C>T
ACE2 rs41303171 chrX 15582298 T C 'missense_variant' - missensevariant p.Asn720Asp/c.2158A>G
ACE2 rs370187012 chrX 15582327 C T 'missense_variant' - missensevariant p.Arg710His/c.2129G>A
ACE2 rs776995986 chrX 15582334 G A 'missense_variant' - missensevariant p.Arg708Trp/c.2122C>T
ACE2 rs149039346 chrX 15584416 A G 'missense_variant' - missensevariant p.Ser692Pro/c.2074T>C
ACE2 rs200180615 chrX 15584488 C T 'missense_variant' - missensevariant p.Glu668Lys/c.2002G>A
ACE2 *rs199951323 chrX 15585879 A C stop_gained p.Leu656*/c.1967T>G
ACE2 rs183135788 chrX 15585933 T C 'missense_variant' - missensevariant p.Asn638Ser/c.1913A>G
ACE2 rs748163894 chrX 15588434 G A 'missense_variant' - missensevariant
ACE2 rs202137736 chrX 15591485 T C splice_region_variant+intron_variant" "Variante de región de empalme + variante de intrón c.1541+5A>G
ACE2 rs140473595 chrX 15591530 C T 'missense_variant' - missensevariant p.Ala501Thr/c.1501G>A
ACE2 rs191860450 chrX 15593829 T C 'missense_variant' - missensevariant p.Ile468Val/c.1402A>G
ACE2 rs758142853 chrX 15609868 A G 'missense_variant' - missensevariant p.Val184Ala/c.551T>C
ACE2 rs754511501 chrX 15609902 C T 'missense_variant' - missensevariant p.Gly173Ser/c.517G>A
ACE2 rs746034076 chrX 15609943 T C 'missense_variant' - missensevariant p.Asn159Ser/c.476A>G
ACE2 rs373252182 chrX 15609973 T C 'missense_variant' - missensevariant p.Asn149Ser/c.446A>G
ACE2 rs2285666 chrX 15610348 C T splice_region_variant+intron_variant" "Variante de región de empalme + variante de intrón c.439+4G>A
ACE2 rs768736934 chrX 15612963 C T splice_region_variant+intron_variant" "Variante de región de empalme + variante de intrón c.345+5G>A
ACE2 rs4646116 chrX 15618958 T C 'missense_variant' - missensevariant p.Lys26Arg/c.77A>G
ACE2 rs73635825 chrX 15618980 A G 'missense_variant' - missensevariant p.Ser19Pro/c.55T>C
'SNPer assosiert med SARS'
CD209 rs4804803 19 7812733 A G 'Susceptibel genotype A:A, oppstrøms_transkripsjonsvariant' NC_000019.10:7747846 Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010


En interessant observasjon å merke seg er at ACE2-genet er plassert på X-kromosomet, noe som betyr at menn bare vil arve én kopi av dette genet. Den ekstra variasjonen som tilbys av kvinnenes andre kopi av ACE2-genet på deres andre X-kromosom kan delvis forklare hvorfor kvinner er mindre mottakelige for covid-19.


Steg 3) Sammenlign ditt genotype/SNPer med ytterligere forskningsfunn.

Det finnes en mengde ressurser som beskriver informasjon om denne SNP-en. Sjekk ut dbSNP og SNPedia.


dbSNP

'dbSNP inneholder menneskelige enkelt nukleotidvariasjoner, mikrosatellitter og småskala innsettinger og slettinger, sammen med publikasjoner, populasjonsfrekvens, molekylære konsekvenser og genomisk og RefSeq kartleggingsinformasjon for både vanlige variasjoner og kliniske mutasjoner.'


SNPpedia

'SNPedia er en wiki som undersøker menneskelig genetikk. De deler informasjon om effektene av variasjoner i DNA, og henviser til vitenskapelige publikasjoner som er vurdert av fagfeller. Det brukes av Promethease for å lage en personlig rapport som kobler dine DNA-variasjoner til informasjonen som er publisert om dem.'



**Hvis du er bekymret for noe du ser i DNA-resultatene dine, vennligst snakk med legen din eller en genetisk rådgiver.




Leter du etter alternativ DNA-analyse? Prøv DNA Romance matchmaking-tjenesten nå. ;-)

Ta en gratis personlighetstest.

FÅ EN RAPPORT OM PAR-KOMPATIBILITET



 

 

We care about your privacy and have several measures in place to keep your personal data secure. We encrypt all data that is stored and the names contain a unique hashed path and other obfuscating elements. Access to the data is limited to key development personnel who have 2-factor authentication restricted access. You can delete your profile including DNA data at anytime from your settings dashboard. ** We do not sell your personal information to 3rd parties, please see our Privacy Policy for more details. On departure please do give us feedback, especially if you found a great match :-)